Seleksi KSM tingkat madrasah dilaksanakan sebanyak tiga kali dengan para peserta dari juara kelas per masing-masing tingkatan ditambah dengan siswa yang punya kompetensi di bidang mata pelajaran tertentu. Untuk seleksi ini, akan dipilih 6 orang yang mewakili madrasah untuk seleksi tingkat Kota Banjarmasin, yang terdiri dari 2 orang untuk mata pelajaran IPA terintegrasi, 2 orang untuk mata pelajaran IPS terintegrasi, dan juga 2 orang Matematika terintegrasi